十九世紀のパリにある華やかなオペラ座では、恐ろしい噂が絶えることがなかった。地下の暗闇には「オペラ座の怪人」と呼ばれる謎の存在が住んでおり、関係者たちから恐れられていたのである。ある夜、若く美しい歌手のクリスティーヌが見事な歌声を披露し、観客を熱狂させた。彼女の話によれば、姿の見えない「音楽の天使」が毎晩こっそりと歌の指導をしてくれているとかで、彼女の才能は開花しつつあった。
しかし、その天使の正体は、エリックという名前の醜い顔を持った天才音楽家であった。彼は生まれつきの容貌のせいで世間から見放された末に、オペラ座の地下深くに隠れ住むほかなかったのだ。エリックはクリスティーヌを愛するあまり、彼女を自分の地下の隠れ家へと誘い込んだ。「君の歌声は私だけのものだ。永遠にここで私と一緒に暮らしてほしい」と、狂気にも似た愛情をぶつけたのである。
折しも、クリスティーヌの幼馴染であるラウル子爵が彼女の才能と美しさに惹かれ、二人は恋に落ちていた。これを知ったエリックは嫉妬の炎を燃やし、公演中の舞台から彼女を強引に連れ去ってしまった。救出に向かったラウルは、エリックの仕掛けた罠に落ち、命の危険にさらされてしまう。「私と結婚するか、それともラウルの命を奪うか」と迫られ、クリスティーヌは究極の選択を迫らざるを得なかった。
愛するラウルを救うため、クリスティーヌは深い悲しみと恐れを抱えつつも、エリックに近づき、その醜い顔にそっと口づけをした。それは同情と慈愛に満ちた、エリックが生まれて初めて受けた人間の温もりであった。これまで誰からも愛されたことのないエリックにとって、その一度の口づけは何よりも尊いものにほかならなかったのである。彼は激しく涙を流し、ついに二人の愛を認めることを決意した。
「さあ、彼と一緒にここから逃げるがいい。二度と戻ってきてはいけない」エリックは二人を解放し、暗い地下の奥底へと姿を消した。その後、オペラ座の地下を捜索した警察が見つけたのは、ただ静かに転がる仮面だけであった。天才的な才能を持ちながらも孤独に生き抜いた男は、真実の愛に触れた喜びと引き換えに、自らの存在を永遠に歴史の闇へと消し去ったに相違ない。