十九世紀のパリにそびえ立つ豪華なオペラ座は、世界中の音楽家や舞台人が憧れる華やかな殿堂であった。しかし、その煌びやかな表舞台の裏では、ある奇妙な噂が職員たちの間に絶えず流れていた。

「夜な夜な地下から不気味な音楽が聞こえてくる」「五番のボックス席には誰も座らせてはならぬとの脅迫状が届く」と、関係者たちはひそひそと言い交わしていた。いつしか彼らは、その正体不明の存在を「オペラ座の怪人」と呼ぶようになっていたのである。

そんな折、若く美しい歌手のクリスティーヌが、合唱団の一人にすぎなかった地位から、突如として主役の代役に大抜擢された。その夜の彼女の歌声は神々しいほどに澄み渡り、観客はそろって息をのみ、嵐のような喝采を送った。

楽屋を訪ねた友人に、クリスティーヌは打ち明けた。「実は私には、見えない『音楽の天使』が毎晩こっそりと歌の指導をしてくれているの」と、彼女ははにかみながらも、その存在を心の底から信じきっていた。

しかし、その「天使」の正体は、エリックという名の、生まれつき顔がひどく醜く崩れた一人の天才音楽家であった。世間の蔑みと拒絶に身も心も削られながら生きてきた彼は、ついには地上に居場所を失い、オペラ座の地下深くに身を潜めて暮らすほかなかったのである。

暗い湖と燭台に囲まれた地下の隠れ家で、彼は誰にも知られぬ孤独の中、ひそかにオペラの楽譜を書き、歌姫の卵たちにそっと声楽の手ほどきをしていた。

彼にとってクリスティーヌは、暗闇に降ってきた一筋の光のような存在であった。彼女のひたむきさに触れるにつけ、エリックの愛情は次第に狂気にも似た独占欲へと変わりつつあった。

ある夜、エリックはとうとう姿を現し、半ば呆然とするクリスティーヌを地下の隠れ家へと誘い込んだ。「君の歌声は私だけのものだ。永遠にここで私と暮らしてくれ」と、彼は彼女の前にひざまずいて願った。